La “Confraternita S. Croce” (come Compagnia) fu istituita nel 1796, presso la Chiesa dei Sette Dolori di Maria, che fu costruita subito dopo la “Supplica con decreto annesso per l’erezione della Cappella della Vergine SS. Addolorata, in data 12 novembre 1720”.
Poiché questa cappella, di forma ottagonale, con facciata a nord e portico davanti, era troppo piccola per la riunione degli iscritti alla suddetta compagnia, si iniziò la costruzione della chiesa attuale in data 12 aprile 1842, con il “titolo” di “S. CROCE”, e fu terminata il 28 maggio 1843, sotto il parroco don Zuccarelli.
L’attuale sacrestia è ancora della chiesa precedente e risale al 1828 come da iscrizione su pietra esterna (ora nella cabina Enel).
Lo stile della chiesa è barocco senza pregi né artistici né storici.
Le pitture della facciata sono opera del Borgna da Martiniana Po e rappresentano a destra in alto S. Chiaffredo ed in basso S. Anna, a sinistra in alto S. Lorenzo ed in basso S. Margherita; la lunetta sul portale di ingresso raffigura la Deposizione di Gesù dalla croce.
L’interno è ad una sola navata. Le pitture interne sono state realizzate nel 1884 dall’Arnaud da Caraglio. Nell’abside al centro è rappresentata la Deposizione di Gesù dalla croce ed in alto le tre virtù teologali (Fede, Speranza e Carità). Al centro della navata c’è la Croce portata in trionfo dagli Angeli: nei cartigli sono riportate le parole che l’Imperatore Romano Costantino udì in sogno: “In itoc signo vinces: in questo segno – nella Croce – vincerai”.
Completano la decorazione l’immagine di San Giuseppe che la Comunità parrocchiale di Santa Margherita celebra come patrono nel mese di luglio. Al fondo della navata, sopra la tribuna, è poi raffigurata Santa Cecilia, patrona della musica e del canto, necessari a rendere solenni e più partecipate le funzioni liturgiche.
Nel 1993 è stato rifatto il tetto in seguito ai danni provocati dalle abbondanti nevicate di febbraio-marzo dello stesso anno.
Nel 2007 è avvenuto il restauro dei banchi e della porta di ingresso.
L’anno successivo è stato effettuato il rifacimento della facciata ed è proseguita l’opera di restauro delle parti lignee (bussola, pulpito e coro).
Il 2011 è stata la volta del rifacimento delle decorazioni interne, del restauro del mobile della sacrestia, dell’installazione dell’impianto di amplificazione ed il risanamento dall’umidità con scavo di un corridoio lungo parte del perimetro.
I lavori sono stati svolti con precisione e competenza ed il risultato è ora all’ammirazione di tutti.
All’interno è conservata una bella statua in legno della Madonna Addolorata, che viene portata in processione nel corso della festa che si tiene la terza settimana di settembre.
Attualmente le funzioni che si celebrano in questa chiesa sono la recita del S. Rosario nel mese di maggio, la S. Messa una volta la settimana (giovedì) nel periodo maggio – settembre, oltre ad alcuni incontri di preghiera e l’Adorazione eucaristica del primo venerdì del mese nel periodo maggio – settembre.
Dal 2013 viene allestito a cura di alcuni volontari il caratteristico presepe che ogni anno si è ampliato sempre più e si arricchisce di particolari novità.